9. 숫자·통계·이미지의 정직성¶
이런 적 있으시죠? - 재분석 뒤 그림은 새 데이터인데 그림 설명의 "n = 1,212"는 옛 숫자 그대로였다. - 리뷰어가 "별표는 어떤 검정이고 다중검정 보정은 했습니까?"라고 물었다. - 저널이 현미경 이미지의 밝기 조정 내역을 요구했다.
핵심: 그림에 담긴 숫자, 별표, 이미지 조정은 모두 데이터와 설정에서 자동으로 나오고 기록됩니다. 손으로 적거나 따로 보정하지 않습니다. 그래야 데이터가 바뀌어도 그림과 설명이 어긋나지 않고, 어떤 질문에도 근거를 보여 줄 수 있습니다.
살아 있는 숫자¶
그림 제목이나 패널 설명에 들어가는 결과 숫자(개수, 비율, 통계값)는 손으로 쓰지 않습니다.
| 손으로 쓴 숫자 | 살아 있는 숫자 |
|---|---|
"... 1,240 concordant genes ..." |
"... {n_concordant:,} concordant genes ..." |
| 데이터가 바뀌면 그대로 남아 틀린 말이 됩니다. | 분석이 계산한 값을 빌드 때 채웁니다. 데이터가 바뀌면 같이 바뀝니다. |
- 분석 파일이 값을 기록하고(
claims.record("n_concordant", n)), 설명에는 중괄호로 그 이름을 씁니다. - 기록되지 않은 이름이 설명에 있으면 검증이 실패합니다(8장).
- 임계값(
P < 0.05), 다른 그림 번호, 실험 설계 값(시간, 용량)은 손으로 써도 됩니다. 결과가 아니라 설계이기 때문입니다. - 손으로 쓴 결과 숫자가 늘어나면 CI(저장소의 자동 검사)가 막습니다.
💬 AI에게: "Figure 2 설명에 손으로 쓴 숫자가 있는지 찾아서, 분석에서 기록하도록 바꿔 줘."
별표 뒤의 통계표¶
별표(*, **)나 비교 괄호를 그리는 그림은 다음 순서를 따릅니다.
- 어떤 검정(예: Welch t-검정)을 쓸지, 다중검정 보정(예: Benjamini–Hochberg)을 할지, 별표 기준(예:
* P < 0.05)을 설정에 적습니다. - 빌드가 그 설정대로 검정을 하고, 검정표(비교, n, 통계량, P, 보정 P, 별표)를 그림 옆에 저장합니다.
- 그림 설명의 "별표 기준" 문장도 설정에서 채워집니다. 설정을 바꾸면 그림의 별표, 검정표, 설명이 함께 바뀝니다.
- 검정표가 없으면 검증이 실패합니다.
그래서 "어떤 검정을 했나"라는 질문에는 결과 폴더의 figure_NN_statistics/를 보여 주면 됩니다.
어떤 검정과 보정이 맞는지는 연구자가 정합니다. 도구는 정한 대로 계산하고 기록할 뿐입니다.
그려진 값 (Source Data)¶
일부 저널은 그림마다 실제로 그려진 값을 표로 제출하라고 요구합니다(Source Data). 분석이 패널마다 그린 값을 등록해 두면, 빌드가 figure_NN_source_data/에 패널별 표로 내보냅니다. 원본 데이터가 아니라 그림에 찍힌 바로 그 값입니다.
현미경·블롯·젤 이미지¶
이미지는 원본 파일을 그대로 넣고, 조정은 그림을 그릴 때 설정으로 합니다.
| 하지 않는 것 | 대신 하는 것 |
|---|---|
| 밝기·대비를 조정한 사본을 만들어 넣기 | 설정에 채널마다 표시 범위(어디부터 어디까지를 검정~최대 밝기로 보일지)를 적기 |
| 잘라 낸 사본을 넣기 | 설정에 자를 영역(픽셀 좌표)을 적기 |
| 눈금자를 그림 위에 손으로 그리기 | 메모에 픽셀 크기(µm)를 적으면 정확한 눈금자가 자동으로 그려짐 |
빌드는 원본 파일의 지문, 자른 영역, 채널별 표시 범위, 색을 README의 "Images" 부분에 기록합니다(7장). 원본 파일이 바뀌면 검증이 실패합니다.
밝기를 비선형으로 조정(감마 ≠ 1)하면 검증이 경고합니다. 감마 조정은 허용되지만, 저널의 이미지 무결성 규정에 따라 그림 설명에 그 사실을 밝혀야 합니다.
자세한 예: 현미경 이미지 튜토리얼
알아 두면 좋은 것¶
이 장의 규칙은 귀찮은 형식이 아닙니다. 리뷰어의 질문, 저널의 자료 요구, 연구 부정 의혹에 기록으로 답할 수 있게 해 주는 장치입니다. "그때 어떻게 했더라"를 기억에 의존하지 않아도 됩니다.
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